Huszonöt évvel ezelőtt a marsi telepesek fellázadtak a Föld Védelmi Erők zsarnok uralma ellen. Alec Mason vezetésével a Red Faction sikerre vitte harcát. Bár az emberek visszanyerték szabadságukat, az ellenségeik nem nyughattak, megölték Mason feleségét, és elrabolták a lányát. 2145-ben Alec fia, Jake megtudja, hogy Lyra életben van. Útnak indul, hogy megkeresse. Amikor megtalálja, kiderül, hogy egy új, erős ellenséggel kell szembenéznie, köztük Lyrával, akit a Red Faction elpusztítására képeztek ki.